Rekonstrukce se zaměří na obnovu vodotěsné izolace, opravu železobetonové stropní desky a úpravu odvodnění komunikací nad halou. Součástí stavby budou také opravy přilehlých chodníků a komunikací, přesun veřejného osvětlení a výsadba nových stromů před Fantovou budovou. Podle Správy železnic se zlepší také pěší přístup k nádraží od Národního muzea.
Práce se dotknou i dopravy v okolí nádraží. Po dobu nejnáročnější etapy budou na magistrále zachovány dva jízdní pruhy v každém směru. Uzavřeno však bude parkoviště nad odbavovací halou. Zastávky autobusové linky Airport Express na letiště a některých dálkových autobusů se dočasně přesunou do Opletalovy ulice.
Současná oprava je první etapou širší proměny dolní odbavovací haly hlavního nádraží. Správa železnic dlouhodobě počítá s tím, že dnešní parkoviště nad odbavovací halou nahradí nový veřejný prostor. Navazující úpravy by se měly dotknout také interiéru haly, kde se uvažuje například o odstranění některých obchodních ostrůvků, úpravě vstupů do metra nebo vybudování nových propojení mezi jednotlivými úrovněmi nádraží.
