Kromě protihlukových opatření čekají Krč i další významné změny. V okolí nádraží vznikne malý dopravní uzel propojující železnici, budoucí stanici metra D a Jižní spojku. Součástí projektu je také plánovaný podchod, který propojí rezidenční oblast s nádražím a zlepší přístupnost celého území. Správa železnic aktuálně hledá nejvhodnější variantu tohoto propojení, aby co nejlépe sloužilo místním obyvatelům.
