Kolem roku 1960 se rozvoj trolejbusové dopravy ve Zlíně a Otrokovicích zpomalil, až zcela zastavil. Nebyla nová vozidla ani náhradní díly na opravy těch v provozu. Trolejbus se stal neperspektivní a drahý, vždyť tu byla více než dobrá náhrada: autobus rychle dohnal technický rozvoj, nepotřeboval trolejovou trať ani měnírny. A hlavně – byl tu zdánlivě nevyčerpatelný zdroj levné nafty! Některá města, ve kterých trolejbus sotva zdomácněl, dokonce přikročila k jeho zrušení. Jmenujme Prahu, Děčín, České Budějovice a Most-Litvínov. V ostatních byl odsouzen k postupnému dožití. Ke cti zlínských představitelů budiž ale řečeno, že o zrušení trolejbusů nepadlo nikdy ani slovo, trolejbusy i za této doby stagnace dobře a neúnavně sloužily, zlínští dopraváci statečně bojovali s nedostatkem prakticky všeho potřebného pro jejich provoz a čekali na lepší časy.
Druhé období těžkých časů nastalo pro trolejbusy počátkem 90. let. Stát převedl majetek městských dopravců na města a zejména se zřekl dalšího financování tohoto segmentu veřejné dopravy. Jakmile města zahrnula nemalé náklady na MHD do svých rozpočtů, začala v zastupitelstvech diskuze o oprávněnosti jejich výše, hledaly se úspory i možnosti dalších výnosů a zároveň se pohnuly směrem vzhůru i léta nehybné ceny jízdného. Tento proces se nevyhnul ani Zlínu a také Otrokovicím, které se staly majitelem příslušné části dopravního podniku.
Velkým tématem diskuze byl opět trolejbus. Po letech věrných a spolehlivých služeb se mu začalo vyčítat, že je provozně dražší než autobus, že obnova vozidel bude stát také více než nákup autobusů, bylo zapotřebí rekonstruovat troleje a modernizovat měnírny. A vůbec, trolejbus je drážní vozidlo a jeho provozování je složité a svazuje ho spousta legislativy, kdežto autobusy umí provozovat kdekdo a je řada dopravců, kteří by mohli pro město provozovat MHD, a jistě levněji. Ekologie a stabilita dopravního systému přestaly být argumentem. Hlasy hovořící o nutnosti přehodnocení městského dopravního systému ve prospěch autobusů nebyly ojedinělé. Připomeňme, že názory na tento problém se různily v obou městech. Jednu dobu reálně hrozilo rozdělení dopravce na část zlínskou a otrokovickou.
„Obyvatelé Zlína a Otrokovic dnes mohou být hrdi na to, že se krizové situace ve využívání trolejbusů v našich městech pokaždé podařilo překonat. Ekologický význam bezemisní hromadné dopravy je dnes nesporný. Jsme připraveni navazovat na odkaz našich předchůdců ze čtyřicátých let a ve spolupráci s oběma městy trolejbusový provoz dále rozvíjet,“ ujišťuje současný ředitel Dopravní společnosti Zlín – Otrokovice Josef Kocháň.
