V trojské laboratoři se odborníci zabývají množením ohrožených druhů rostlin, zaměřují se převážně na orchideje rodu Paphiopedilum a kapradiny. Ve sbírkách zahrady je také 10 druhů rostlin, které jsou již v přírodě vyhynulé. Mezi téměř vyhynulé rostlinky patří prha arnika, jedinečná divizna brunátná s temně fialovými květy, která se nachází velmi sporadicky na území Šance nad Břežanským údolím, nebo hvozdík sivý, který lze ještě vzácně najít v Modřanské rokli. Místní odborníci spolupracují i na výsevu kriticky ohroženého zvonovce liliolistého v okolí Karlštejna.
„Svoji pozornost jsme při záchraně genofondu rostlin upřeli zejména ke stanovištím v Praze a jejím blízkém okolí. Květena této oblasti je velmi bohatá a rozmanitá, ovšem s ohledem na množství působících negativních vlivů jsou některé druhy velmi vážně ohrožené a v Praze jde přímo o riziko vyhynutí. Považujeme za svou povinnost podílet se na aktivní ochraně těchto mizejících druhů,“ uvedl Vlastik Rybka, náměstek odborného oddělení Botanické zahrady hl. m. Prahy.
V současnosti má botanická zahrada v kultuře 189 kriticky ohrožených druhů české flory, pro některé už je připravený plán jejich návratu zpět na místa výskytu. Toto číslo znamená, že odborníci udržují zhruba 40 procent českých druhů rostlin, které jsou v nejvyšším stupni ohrožení. Také usilují o záchranu exotické květeny. Ve sbírkách zahrady je dokonce i 10 druhů rostlin, které se v přirozeném prostředí již nevyskytují a najdeme je už jen v botanických zahradách. Jde například o leknín nejmenší (Nymphaea termarum), jehož původ je v termálních pramenech africké Rwandy a který byl v roce 2008 prohlášen za vyhynulý, nebo madagaskarskou palmu Dypsis ligulata, která v přírodě nebyla pozorovaná od roku 1923.
K vidění jsou i vyhynulé rostliny dalekých oblastí, například Rhododendron kanehirae původem z Tchaj-wanu, exotický jerlín Sophora toromiro, který býval v minulosti hojný na Velikonočním ostrově. Je zde také zachována rostlina Abutilon pitcairnense z rodu slézovité, endemitní rostlina z ostrova Pitcairn v jižní oblasti Tichého oceánu, nebo „zlatá fuchsie“ Deppea splendens, která pochází z Mexika.
